מערכת הקירור חייבת להיות מערכת מחזור סגור נקי, יבש והדוק. לאחר התקנת ציוד הקירור או שיפוץ, כמה זיהומים כגון סיגים ריתוך, חלודה, אבנית ולחות יישארו בהכרח בתוך המערכת. על מנת לשמור על ניקיון המערכת, למנוע מלכלוך לפגוע במדחס ובשסתומים במערכת, למנוע בעיות כמו חסימת צנרת המערכת ולהבטיח פעילות תקינה ויעילה של מערכת הקירור, יש לטהר ולפרוק את מערכת הקירור לפני תפעול ציוד הקירור.
כאשר המערכת נושבת, יש לסגור היטב את כל השסתומים המחוברים לאטמוספירה, ולפתוח את כל השסתומים האחרים. הזרמת שפכים צריכה להתבצע במקטעים או בתתי מערכות לפי ציוד וצינורות. יש לפרוק תחילה את מערכת הלחץ הגבוה, ואת מערכת הלחץ הנמוך יש לפרוק שניה. יש לבחור את יציאת הביוב בנקודה הנמוכה ביותר של כל קטע. לעולם אל תשתמש בגזים דליקים כגון חמצן במהלך פעולת הזרמת הביוב, ויציאת הביוב לא צריכה לפנות למפעיל כדי להבטיח בטיחות.
מערכת הקירור באמוניה צריכה להשתמש באוויר דחוס {{0}}.8MPa (מד לחץ) לנשיפה, ומערכת הפריאון צריכה להשתמש ב-0.5-0.6MPa (מד לחץ) ניפוח חנקן. יש לטהר אותו שוב ושוב, ולקבוע לוח זיהוי לבן (כגון מטלית לבנה נקייה הקשורה ללוח עץ) בשקע הביוב לבדיקת מטרה עד שלא ייפרק לכלוך. על מנת לנצל ביעילות את כוח הנפץ וזרימת האוויר המהירה של גז דחוס, ניתן להתקין שסתום ביציאת הביוב, ולפתוח את השסתום במהירות כאשר הלחץ במערכת עולה, כך שניתן יהיה לפרוק את הגז במהירות. וניתן להוציא את הלכלוך החוצה. בפועל, הפקק יכול לשמש גם לחסימת יציאת הביוב. כאשר יש לחץ מסוים במערכת, הפקק יידפק החוצה כך שניתן יהיה לפרוק את הגז במהירות. ההשפעה של שיטת הזרמת שפכים זו טובה מאוד, אך קיימת מידה מסוימת של סכנה, לכן יש להיזהר ולשים לב לבטיחות בעת ההפעלה.
לפני הזרמת שפכים, יש להגן על המכשירים ושסתומי הבטיחות במערכת, להסיר את שסתום הסולנואיד, ליבת שסתום הסימון ומסך המסנן, וניתן להתקין אותם מחדש ולאפס לאחר העברת בדיקת הוואקום. לאחר טיהור וניקוי המערכת, יש לפרק, לנקות ולהרכיב מחדש את השסתומים שעלולים לצבור לכלוך. בנוסף, בעת שיפוץ מערכת הקירור, יש צורך להשתמש גם בחנקן או באוויר דחוס יבש כדי לפוצץ את השמן והזיהומים שנותרו במערכת. על מנת להמיס את השמן ולהקל על הפריקה, ניתן לשפוך למערכת כמות נאותה של טריכלוראתילן ולאחר שהשמן יתמוסס יישרף לאוויר. טריכלוראתילן מזיק לגוף האדם. לכן, יש לשים לב לאוורור פנימי בעת השימוש, ועל המפעיל להתרחק כראוי.