שיטת בוצה פעילה:צורה אירובית של טיפול בשפכים על ידי חילוף חומרים ביוכימי של קהילות ביולוגיות מושעיות.
בתהליך הגדילה והרבייה, מיקרואורגניזמים יכולים ליצור מסות קולואידיות בעלות שטח פנים גדול, שיכולות להצטנף ולספוג כמות גדולה של מזהמים קולואידים או מומסים מרחפים של מי שפכים, ולספוג חומרים אלו לתוך התאים, ולחמצן לחלוטין חומרים אלה עם השתתפות חמצן לשחרור אנרגיה, CO2 ו-H2O. ריכוז הבוצה בשיטת בוצה פעילה הוא בדרך כלל 4g/L.
שיטת ביופילם:מיקרואורגניזמים מחוברים לפני השטח של חומר המילוי כדי ליצור ביופילם ג'לטיני מחובר. לביופילם יש בדרך כלל מבנה פלוקולנטי רך עם יותר מיקרונקבוביות ושטח פנים גדול, שיש לו אפקט ספיחה חזק והוא תורם לפירוק וניצול נוסף של החומר האורגני הנספג על ידי מיקרואורגניזמים.
בתהליך הטיפול, זרימת המים והאוויר גורמים למגע מתמיד של פני הביופילם והמים, מזהמים אורגניים וחמצן מומס בשפכים נספגים בביופילם, והמיקרואורגניזמים על הביופילם מפרקים באופן רציף את החומרים האורגניים הללו, תוך חימצון ו פירוק החומרים האורגניים, הביופילם עצמו עובר כל הזמן חילוף חומרים, והביופילם המזדקן נשפך ומוציא אותו ממתקן הטיפול הביולוגי ומופרד מהמים במיכל השקיעה. הפרדה ריכוז הבוצה של שיטת הביופילם הוא בדרך כלל 6-8g/L.
ההבדל העיקרי בין שיטת הביופילם לשיטת הבוצה המופעלת הוא שהמיקרואורגניזמים של הראשונים אינם זקוקים לנושא מילוי והבוצה הביולוגית מורחקת, בעוד המיקרואורגניזמים של האחרונים מקובעים על חומר המילוי.
עם זאת, מנגנון הטיפול בשפכים וטיהור איכות המים זהה. הבוצה הביולוגית של שניהם היא בוצה פעילה אירובית, וגם להרכב הבוצה יש דמיון מסוים.
בנוסף, המיקרואורגניזמים בשיטת הביופילם, בהיותם מקובעים על חומר המילוי, יכולים ליצור מערכת אקולוגית יציבה יותר, ואנרגיית החיים והאנרגיה הצורכת שלהם אינם גדולים כמו אלו שבשיטת הבוצה הפעילה, ולכן הבוצה השיורית של שיטת הביופילם. הוא פחות מזה של שיטת הבוצה הפעילה.